Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête...
Shigematsu Shizuma, qui vit avec sa famille dans un village près de Fukuyama, se trouvait à Hiroshima avec sa femme et sa nièce juste après le bombardement atomique dévastateur, une tragédie qui a cruellement coûté la vie à des milliers de personnes et marqué à jamais la dure existence...
