En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs...
Ogami Itto, bourreau officiel du shogun est victime d’un coup monté par Bizen Yagyu, visant à le destituer et le forcer à commettre le seppuku. Celui-ci refuse et choisi la voie du sang, jurant de faire payer au clan Yagyu cette trahison.
Après avoir tué un officier de haut rang lors d'un duel illégal, un samouraï de bas rang est déclaré fou et est défié en duel par le clan auquel appartenait son adversaire mort.