La Seele organise un assaut général contre la NERV pour détruire les Eva avant que Gendō déclenche le Troisième impact et prenne le contrôle du Projet de complémentarité.
Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune...
