Quand le général Krantz, ancien chef de l'organisation défaite appelée Le Cartel est en prison avec T-Bag, et apprend que Sara Tancredi se retrouve derrière les barreaux, elle-aussi, pour meurtre, il saute sur l'occasion et projette de la tuer. Emprisonnée, elle est enceinte, et inquiète...
Pour étudier scientifiquement le comportement humain, un scientifique enferme vingt volontaires dans un univers carcéral. Parmi eux, des "gardiens" et des "prisonniers". Mais la situation se détériore. L'expérience dépasse tout ce qui était prévu.